考古资料证明，在原始社会晚期，宁都已有人类居住。

春秋属吴国，战国初属越。后楚灭越，全境属楚。

秦统一后，始皇二十六年（前221年）分天下为三十六郡。宁都属九江郡南壄县。

西汉属豫章郡。高祖六年（前201年）始置雩都县，宁都为雩都县地。

建安五年（200年）孙策析庐陵等县置属庐陵郡，雩都属之。

吴嘉禾五年（236），孙权析雩都白鹿营地置阳都县，宁都首次设立行政单位。属庐陵郡南部都尉辖制，又析阳都陂阳地置陂阳县,随后改为揭阳。

西晋太康元年（280），改阳都为宁都（因境内有太平里，以安宁之意而名为宁都）。此为“宁都”县名之始。迁县治于阳田营（今石上镇王田营村）。

太康三年（282）改南部都尉为南康郡（治雩都）。

东晋永和五年（349），南康郡移治赣县（今赣州）。宁都隶之。

宋永初元年（420）改南康郡为南康国。宁都隶之。

大明五年（461），析宁都虔化屯（今东山坝镇大布村）置虔化县（旧志载：县西五里有石状如虎，传由虎化为石。虎为凶物，改为虔，故名虔化，县以此得村名），并属南康国。

齐永明元年（483）南康国复为南康郡。宁都、虔化均属南康郡。

隋开皇九年（589）灭陈，改南康郡为虔州。虔化并入宁都，隶虔州。

开皇十三年，陂阳县（今石城县西）并入宁都县。

开皇十八年（598），改宁都为虔化县，隶属如前。迁县治于雪竹坪（今梅江镇）。

唐武德五年（622），虔化属洪州总管府虔州。

贞观元年（627），分天下为十道。虔化属江南道虔州。

开元二十一年（733）分江南为东西道。虔化属江南西道虔州。

元和六年（811），升虔州为上州，虔化为上县。

咸通七年（866），升虔州为节镇，号百胜军。虔化隶之。

南唐保大十一年（953），析虔化之石城场置石城县。

宋至道三年（997），分天下为十五路。虔化属江南路虔州。

天禧四年（1020），分江南路为东、西路。虔化属江南西路虔州。

大观元年（1107），升虔州为望郡，虔化为上县。

绍兴二十三年（1153），改虔州为赣州，虔化为宁都。

元至元十四年（1277），置江西行中书省，改赣州为路。宁都属赣州路。

元贞元年（1295）十一月，升宁都县为州，辖石城县，属赣州路。

明洪武二年（1369），改赣州路为府，改宁都州为宁都县。建立里甲制度，宁都县下设清泰乡、太平乡、怀德乡(俗称“上三乡")、安福乡、仁义乡、陂阳乡(俗称“下三乡")等6乡，下辖45个里，8个团(里与团平级)，61个都。

洪武九年（1376），宁都县属江西布政使司赣州府。

清初沿明制，仍设6个乡，其中改陂阳乡为平阳乡。

乾隆十九年（1754），升宁都县为直隶州，辖瑞金、石城二县。

民国二年（1913年），宁都复改为县。

1914年，全国行政区划设省、道、县三级。江西设四道，宁都县属赣南道。

1926年，废道，宁都县直属江西省政府。

1929年，宁都为中央苏区属县。

1931年9月，宁都县分为宁都县、彭湃县两县。

1932年2月，宁都、彭湃两县复并为宁都县。

1932年底，中共江西省委、江西省苏维埃政府驻宁都，宁都成为中央苏区江西省的省会。

1933年1月8日，赵博生在南城金溪黄狮渡战役牺牲。同月13日，为纪念赵博生，宁都县改为博生县。

1933年7月，根据中华苏维埃共和国中央人民委员会《关于重新划分行政区划的决定》，宁都分为博生、洛口、长胜三县。隶属如前。

1934年十月，红军长征北上抗日，仍为宁都县，设江西省第十二行政区，行政督察专员公署驻宁都，辖宁都、广昌、石城、瑞金、于都、会昌6县。

1935年四月，江西省政府将全省改划为八个行政区，第八行政督察专员公署驻宁都，辖宁都、广昌、石城、瑞金、会昌、于都、兴国7县。

1945年1月，江西省政府转往宁都青塘，宁都继而成为抗战时期江西的临时省会。

1949年8月27日，中国人民解放军解放宁都县城。29日成立宁都县人民政府。同年9月，省人民政府设宁都分区（1951年6月改称宁都专区），分领8县：宁都、于都、兴国、瑞金、会昌、石城、寻乌、广昌（由抚州专区划入）。

1952年8月29日，撤销宁都专区，并入赣州专区。宁都县属赣州专区。

1954年6月，改赣州专区为赣南行政区。宁都县隶之。

1964年5月，改赣南行政区为赣州专区，1971年2月改称赣州地区。宁都县隶之。

1984年，设立员布乡。

1987年4月5日，青塘乡、长胜乡、黄陂乡改设青塘镇、长胜镇、黄陂镇。

1988年12月10日，撤销刘坑乡，其行政区域划归梅江镇管辖。

1995年9月29日，撤销固村乡、赖村乡，设立固村镇、赖村镇。

1997年1月14日，撤销石上乡、东山坝乡，设立石上镇、东山坝镇。

1998年4月7日，梅江镇析置刘坑乡，乡政府驻刘坑村。

1998年8月5日，撤销洛口乡，设立洛口镇。

1999年7月1日，改赣州地区为赣州市，宁都县隶之。

2000年6月27日，撤销小布乡，设立小布镇。

2001年10月20日，撤销员布乡，划归洛口镇；撤销刘坑乡，划归梅江镇；撤销黄石乡、田头乡，设立黄石镇、田头镇。